ConfocalUniovi ImageJ es una compilación del programa ImageJ realizada por La Unidad de Microscopía Fotónica y Proceso de Imágenes de la Universidad de Oviedo. Cuenta con una serie de funciones y plugins orientados al trabajo con imágenes de Microscopía Confocal. Inicialmente fue realizado para que los usuarios del servicio pudiesen visualizar y procesar imágenes obtenidas con el Microscopio Confocal Leica TCS SP2 AOBS, a partir de la versión 1.3 permite trabajar con múltiples formatos de imágenes de microscopios confocales ( Leica, Zeiss, Nikon, Olympus, etc.).

En ConfocalUniovi ImageJ se han agrupado, junto al programa ImageJ, una serie de plugins de gran utilidad para el proceso de imágenes de confocal. Todas las funciones del programa se agrupan en una interface gráfica con un conjunto de botones que facilitan su utilización por los usuarios.

Entre otras funciones el programa incluye plugins para: abrir imágenes de cualquier tipo de formato de microscopio (Leica, Zeiss, Nikon, Olympus...), realizar reconstrucciones 3D, obtener imágenes de secciones ortogonales, formar mosaicos de imágenes, montar paneles de imágenes, mejorar la calidad de imagen mediante deconvolución 2D y 3D...

El programa cuenta con un manual en castellano, con una detallada explicación para su instalación así como de cada una de las funciones y plugins que lo integran.

En la versión 1.5 se han mejorado algunas funciones existentes, se han incluido dos plugings para análisis y visualización de superficies y un nuevo pluging para realizar figuras para publicaciones. Se incluye además un acceso directo al manual en pdf pulsando en la tecla "ayuda".

En la versión 1.51 se incluyen nuevas funciones para mostrar información de la imagen, poner una escala de intensidades, visualizar canales de un hyperstack, borrar overlay y extraer diferentes series de z en diferentes tiempos.

La nueva versión 1.6 se basa en el programa Fiji incluyendo todos los plugins y funcionalidades del mismo, además se ha modificado el programa Confocal Uniovi, eliminándose alguna funcionalidad que ya no se necesita, como la apertura de ficheros de imágenes estándar y la deconvolución 2D (ahora se integra en la misma función que la 3D) y añadiendose nuevas funcionalidades: realización de medidas interactivas, galería de imágenes, comparar stacks, imagen topográfica, etc. Esta versión 1.6 está disponible para windows de 64 bits y Mac .